Semestr letni 2018/19
Semestr letni 2019/2020
Semestr letni 2020/2021
Bioinformatyka - aplikacje BT2105
Wykłady: Repozytoria sekwencji nukleotydowych i białkowych. Analiza pojedynczej sekwencji DNA.Dopasowanie pary sekwencji i dopasowania wielosekwencyjne. Wzorce sekwencyjne. Przeszukiwanie baz sekwencji. Analiza danych mikromacierzowych. Predykcja genów i adnotacja genomów. Predykcja struktury przestrzennej RNA. Metody i kryteria estymacji drzew filogenetycznych. Narzędzia bioinformatyczneprzydatne w laboratorium genetyki molekularnej.
Ćwiczenia: Bazy danych literaturowych PubMed. GenBank i Ensemble – przeglądanie, interpretacja adnotacji
sekwencji. Wzorce sekwencyjne: wyrażenia regularne, macierze PSSM, logo sekwencji, poszukiwanie
struktury transmembranowej. Bazy SwissProt i Pfam. Analiza pojedynczej sekwencji DNA: zliczanie słów,
identyfikacja powtórzeń, identyfikacja wysp CpG. Dopasowanie lokalne i globalne pary sekwencji metodą
programowania dynamicznego. BLAST. Dopasowania wielosekwencyjne. Grupowanie genów o podobnej
ekspresji. Predykcja genów: predykcja sekwencji kodujących metodą ‘sliding window’, predykcja otwartych
ramek odczytu. Predykcja struktury RNA.
E-learning
Rodzaj przedmiotu
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Analizuje sekwencje DNA, RNA, wykorzystując narzędzia bioinformatyczne oraz zewnętrzne bazy danych.
Zestawia i opracowuje dane struktur biologicznych, porównuje oraz wyciąga wnioski z pozyskiwanych informacji posługując się zaawansowanymi.
Posiada ugruntowaną wiedzę z zakresu inżynierii genetycznej i biologii molekularnej, którą potrafi wykorzystać do pozyskiwania niezbędnych informacji z serwisów bazodanowych uwzględniając wybraną problematykę z zakresu bioinformatyki.
Potrafi formułować szczegółowe zapytania kierowane do serwisów bazodanowych pozyskując wymagane informacje
Rozumie pozatechniczne aspekty i skutki działalności inżyniera biotechnologii, w tym jej wpływ na środowisko, i związaną z tym odpowiedzialność za podejmowane decyzje.
Literatura
1. Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. Wydawnictwo Naukowe PWN Warszawa 2004 ISBN 83-01-14211-1
2. Pawłowski P., Polański A., Świerniak A, Zielenkiewicz P. Bioinformatyka, Akademicka Oficyna Wydawnicza Exit, Warszawa, 2014.
3. Pevsner J. Bioinformatics and functional genomics - 2nd ed., Hoboken, Wiley-Blackwell, 2009
|
W cyklu 2019L:
1. Higgs P.G, Attwood, TK. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN 2018 3. Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. Wydawnictwo Naukowe PWN Warszawa 2004 ISBN 83-01-14211-1 |